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论文地址
STRING数据库
PPI网络构建
输入差异基因list
进入网页,左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list,“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”
继续
PPI图
保存结果
cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
在此之前,需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件
输入“string_interactions”文件
用cytohHubba插件,筛选top10 Hub基因
下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序
下面的图片就是筛选出来的10个hub基因,保存结果,后续进行生存分析
生存分析
最终发现VEGFA基因与生存显著相关