【export PATH=$PATH:/home/yyp/sra/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin】这个操作对目前这步骤是可以用的！或者是并不能使用，而是你的文件放在它的目录下，所以可以使用比如： ./bin/ncbi/…sra
export PATH=$PATH:~/bowite2/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/
安装和使用SRA toolkit
cd ~/src
我们来把这些路径永久加到我们的PATH下。
#*前面提到export PATH=$PATH:~/src/edirect
#*这个命令只能是目前可以用，一旦退出系统，再重新进入，系统就不识别了。这里作者开始介绍如何使之变成每次进入这个终端都可以使用。
有一个特殊的文件在shell开启时会被系统自动读入。它为你开启的任一终端都提供好这些设置。这个文件在Mac上叫~/.profile，在linux上叫 ~/.bashrc 。 “ >> ”符号是指，把内容追加到一个文件后面，而非直接覆盖这个文件的原内容。你也可以通过text编辑器来编辑这个文件。
Linux上:
echo export PATH=$PATH:/src/edirect:/src/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin >> ~/.bashrc
你需要重新开启一个新的终端来使得上面的设置生效，Linux的话：source ~/.bashrc
…
到主目录下，cd表示进入某个目录，~表示主目录
cd ~
查看当前所在位置的路径
pwd
新建一个目录名为software
mkdir software
二、软件安装
（1）FastQC
确认我们现在在~/software下
pwd
先来下载fastqc这个软件：
根据说明书，我们安装如下：
cd FastQC/
ls -l
chmod +x fastqc
上面这条 chmod +x 命令是使得fastqc变为可执行的命令
为了使得我们无论在哪个路径下都能使用这个软件，我们必须进行一些设置：
可以把这个命令所在的目录路径，加到~/.bashrc（Linux）
On Linux:
echo export PATH=$PATH:~/software/FastQC >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -h
- 建一个类似windows下的快捷方式的软连接（shortcut）
mkdir -p ~/bin
把fastqc的"shortcut" 放到 ~/bin
ln -s ~/software/FastQC/fastqc ~/bin/fastqc
Linux ：
echo ‘export PATH=~/bin:$PATH’ >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -h
3.其他：比如用alias命令，等下会使用到
这样，在bin目录下的程序，我们在服务器账号里任何一个位置都可以直接使用了。
我们来试一下：
mkdir seq
把我提供的fastq文件放入此文件夹
fastqc SRR1553610_1.fastq
过一小段时间，会出现2个文件。SRR1553610_1_fastqc.html和SRR1553610_1_fastqc.zip。这两个文件可以导出到本地电脑去打开查看。
另外，fastqc是有windows版本的。
如果有多个fastq在该目录下，想一次性全部用fastqc查看一下测序质量，可以这么操作
fastqc *.fastq
