1. RSEM的安装和使用：

  $ tar -xzf RSEM-1.3.0.tar.gz

  $ cd RSEM-1.3.0

  $ make

  $ make install

  $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc

  $ source ~/.bashrc

               $ extract-transcript-to-gene-map-from-trinity trinity.fa gene_map （可选，转录本和基因都做）

  $ rsem-prepare-reference --bowtie2 ref_trinity.fasta ref_trinity

              $ rsem-prepare-reference --transcript-to-gene-map ene_map --bowtie2 ref_trinity.fasta ref_trinity（可选，转录本和基因都做）

  $ rsem-calculate-expression -p 48 --paired-end --bowtie2 read1.fq read2.fq ref_trinity sample.name

              $ rsem-plot-model sample.name sample.name.diagnostic.pdf （可选，看一些统计）

2. edgeR的安装和使用：

  一、Trinity附带使用，要求装R并运行R：

  $ source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

  $ biocLite("edgeR")

  $ biocLite("DESeq")

  $ biocLite("ctc")

  $ install.packages('gplots’)

  $ install.packages("ape")

    合并RSEM结果

  $ merge_RSEM_output_to_matrix --mode counts --rsem_files sampleA.esults sampleB.results ... > samples.matrix （Trinity）

  $ rsem-generate-data-matrix sampleA.results sampleB.results ... > samples.matrix （RSEM）

   建立samples_described.txt

     cond_A sampleA
     cond_A sampleB
     cond_B sampleC
     cond_B sampleD

  $ run_DE_analysis.pl --matrix samples.matrix --method edgeR --samples_file samples_described.txt