写作排版必备
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集)等内容。
Markdeep: 文档书写展示两不误
Markdown是一种轻量级标记语言,允许人们使用易读易写的纯文本格式编写文档(别人的电子书,你的电子书,都在bookdown)。手头只要有一个文本编辑器,不管是在笔记本还是在服务器都可以自由写作(Linux - VIM的强大文本处理方法)。而且由于是纯文本文件,可以方便使用Git
管理(Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows)。
写作是方便了(英语写作常见错误总结和学习视频),但呈现给别人看时不免就有些麻烦,需要一些支持Markdown的编辑器或转换工具进行转换,重要的是不方便回转。发给别人的Markdown
脚步看着不舒服,转换后看着舒服,修改又不方便了。
现在,有了一个工具Markdeep
(一段JavaScript
代码,起始写于2015年,一直维护升级至今),使得我们只要在写作的Markdown
文档中引用下这段代码(就是简单的在文件末尾加一句话)就可以轻松实现Markdown
和网页
的互转。
其支持的特性也比较多,常见的Markdown标题等级、代码高亮、引用、列表、表格等,还支持一些新的功能,简单列举几个:
直接嵌入多种形式的流程图,如
ASCII
流程图 (中文支持不好)和gravizo
流程图,支持。支持自动生成目录(层级少时不生成目录,层级多时生成目录)。
支持嵌入
Base64
格式的图形,解决Markdown图形引用的问题。支持引用其它Markdown文件,方便大文件拆分成多个写作。
(3)和(4)结合起来可以很好的处理图形引用问题,每个图形的
Base64
单独放一个文件,在主文档引用展示。支持嵌入
Latex
公式(万能转换:R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等)。支持嵌入视频。
Markdown格式和HTML格式轻松转换。
也可以很方便的导出成
更多功能按需获取,具体使用请看公众号里的视频。