发现一个不错的专题，讲得很详细。
其中一个细节IDR，讲得很通俗。
ATAC-seq data analysis: from FASTQ to peaks
鉴定差异peak
- 两组数据比较
- 多组数据比较 - peak cluster
可视化差异peak
- peak signal heatmap
- distance to TSS
peak功能注释
- GO terms enriched in peak clusters
peak邻近基因表达分析
-
expression level of genes closest to the top 1000 peaks
motif富集分析
- TF motifs enriched in peak clusters
- 结合转录组基因表达数据验证
motif印迹分析
- ATAC-seq footprint for specific motifs
转录因子网络
- Cis-regulatory networks of TFs
ChIP-seq数据验证ATAC-seq结果
个别基因可视化问题 - bigwig
- UCSC genome browser看signal，都是导出pdf，自己再编辑
- IGV
- 测序数据可视化 （三） - UCSC genome browser