WGS和宏基因组混样测序-判断和host基因组的乘深和覆盖度
数据准备
在前期已经做好map到host基因组的步骤以后 （使用了hisat2）得到的 ID.hisat2.bam文件
第一步:sort
因为我们下一步要用的samtools depth的功能需要sorted的bam文件，操作如下：
samtools sort ID.hisat2.bam ID.hisat2.sorted.bam
第二步：判断depth
简单粗暴，操作如下：
samtools depth ID.hisat2.sorted.bam > ID_depth_result
第三步：求average depth
average_depth=$(awk ‘{sum+=$3}END{print sum/NR}’ ID_depth_result);echo ${average_depth}
第四步：求average coverage
name=“ID”;satisfied=$(awk '{if(KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '}' at position 20: …erage1){sum+=1}}̲' average1={average_depth} ID_depth_result）;all=$(wc -l ID_depth_result|awk ‘{print $1}’);echo ${statisfied};echo ${all}
再用statisfiel/all 就是我们需要的average coverage啦