生物信息学工具箱中图论函数是基于稀疏矩阵来工作的，唯一的限制这些矩阵必须是方阵，在这个模型中蛋白质A抑制蛋白质B，蛋白质B抑制蛋白质C，C反过来抑制蛋白质A。MATLAB提供了很多针对稀疏矩阵的操作函数。如Spy函数可在矩阵非零处显示*。该稀疏矩阵指明了图中边的数量，同时可以发现图2是不对称的，因此，它是一个有向图。然而仅利用该矩阵还无法显示具体的可视化结果。生物信息学工具箱中另一种表示图的方法是biograph对象。
load oscillatorgraph
spy(g)
gObj=biograph(g,names)
gObj=view(gObj);
pANode=find(strcmp(‘pA’,names));
pBNode=find(strcmp(‘pB’,names));
pCNode=find(strcmp(‘pC’,names));
set(gObj.nodes(pANode),‘color’,[1 0 0],‘size’,[40 30]);
set(gObj.nodes(pBNode),‘color’,[0 1 0],‘size’,[40 30]);
set(gObj.nodes(pCNode),‘color’,[0 0 1],‘size’,[40 30]);
dolayout(gObj);
生物信息学分析与实践----MATLAB生物信息学工具箱应用