1. 两种芯片数据标准化的区别
- 芯片数据分析中的标准化主要分为
芯片内标准化和芯片间标准化。
芯片内标准化根据目的不同可分为消除染色偏差的 Lowess Normalization，消除点样针头引起的空间差异的 Print-tip Normalization。芯片间标准化有 Quantile Normalization，Global Normalization。
对基因芯片数据的标准化处理，
主要目的是消除由于实验技术所导致的表达量(Intensity)的变化，并且使各个样本(sample)和平行实验的数据处于相同的水平，从而使我们可以得到具有生物学意义的基因表达量的变化。
2. 片间标准化(multiple slides normalization)
中位数标准化（Median Normalization）
由于五种组织（seeding、tiller、root、panicle1、panicle2）是分别在五张芯片上作杂交试验的， 所以第一步的标准化是将五张试验芯片的数据调整到同一水平， 常用的方法是平均数、中位数标准化(mean or median normalization)。即：将五组实验的数据的 log ratio 中位数或平均数调整为 0。
对于双通道数据来说，这种标准化