今天我们复现一幅前两天发表在Cell
上的火山图
。
DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.02.027
之前复现过火山图:
读图
和普通的火山图相比有几个地方不同:
散点大小根据表达量匹配
散点的边框与填充问题
图例散点的大小问题
结果展示
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绘制
library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
library(ggrepel)
rm(list = ls())
df <- read.csv("df1.csv",row.names = 1)
## 添加一列logCPM
df$logCPM = runif(179,0,16)
#确定是上调还是下调,用于给图中点上色
df$threshold = factor(ifelse(df$P_value < 0.05 & abs(df$fd) >= 0.25, ifelse(df$fd >= 0.25 ,'Up','Down'),'NoSignifi'),levels=c('Up','Down','NoSignifi'))
df$gene <- row.names(df) #添加一列基因名,以便备注
ggplot(df,aes(x=fd,y= -log10(P_value),size = logCPM,fill = threshold))+
geom_point(colour = "black", shape = 21, stroke = 0.5)+
scale_size(limits = c(2, 16))+ #控制最大气泡和最小气泡,调节气泡相对大小
scale_fill_manual(values=c("#fe0000","#13fc00","#bdbdbd"))+#确定点的颜色
geom_text_repel(
data = df[df$P_value<0.05&abs(df$fd)>1,],
aes(label = gene),
size = 4.5,
color = "black",
segment.color = "black", show.legend = FALSE )+#添加关注的点的基因名
ylab('-log10 (Pvalue)')+#修改y轴名称
xlab('log2 (FoldChange)')+#修改x轴名称
geom_vline(xintercept=c(-0.25,0.25),lty=2,col="black",lwd=0.5) +#添加横线|logFoldChange|>0.25
geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=2,col="black",lwd=0.5) +#添加竖线padj<0.05
theme_classic( # 主题设置,这个是无线条主题
base_line_size = 1 # 坐标轴的粗细
)+
guides(fill=guide_legend(override.aes = list(size=5)))+ #图例圈圈大小
theme(axis.title.x = element_text(size = 10,
color = "black",
face = "bold"),
axis.title.y = element_text(size = 10,
color = "black",
face = "bold",
vjust = 1.9,
hjust = 0.5,
angle = 90),
legend.text = element_text(color="black", # 设置图例标签文字
size = 7,
face = "bold")
)
ggsave("volcano_2.0.pdf", height = 4, width = 5)