l 医疗数据有四个关键的组成部分:像素深度,光度解释,元数据以及像素数据。
图像大小= 头部大小(包含元数据) + 行 x 列 x 像素深度 x 帧的数量
l放射生物图像中主要有六种格式:DICOM(医疗中的数字图像和通信),NIFTI(神经影像学信息技术计划),PAR/REC(飞利浦 MRI 扫描格式),ANALYZE(Mayo 医疗成像) ,NRRD(近乎原始光栅数据),MINC格式。
(1) DICOM –digital imaging andcommunications in medicine
包括了文件格式和能够接收图像和DICOM格式的病人数据的实体之间使用TCP/IP进行通信的协议
一个DICOM文件包含文件头部和同文件名的 *.dcm 图像数据。文件头部的大小取决于它所提供的信息多少。文件头包含:病人的ID,病人的姓名,图像的模态以及其他信息,它定义了帧的数量以及图像的精度。
(2) NIFTI—Neuroimaing InformaticsTechnology Initiative
NIFTI格式是为神经影像学发明的
主要特点是它包含两个能够将每个体素的索引( i , j, k)和它的空间位置(x , y ,z)关联起来的仿射坐标。
NIFTI的图像原始数据被存储为3维图像
(3) NRRD—Nearly Raw Raster Data
灵活的NRRD格式包含了一个单独的头文件和若干个可以被结合在一起或者分开的图像文件。NRRD头文件为科学可视化和图像处理准确地表征了N维光栅信息。
NRRD格式表征扩散加权图像(DWI)体积和扩散张量图像(DTI)。
为了目视确认张量的方向和期望的神经解剖学的结构一致,NRRD DWI 和 NRRD DTI 数据能够被读取为 3D 切片。
Ø Magic
NRRD0001: 初始和最基本的版本
NRRD 0002 : 增加key/value 对(键值对)
NRRD 0003: 增加“kinds”:field
NRRD 0004 : 加入“thicknesses”和“sample units”,added "thicknesses:" and "sample units" fields,general space and orientation information ("space:", "spacedimension:", "space directions:", "space origin:", and"space units:" fields) , and the ability for the "datafile:" field to identify multiple data files.
NRRD 0005: 加入“measurement frame”
Ø 句尾的符号“\r\n”表示windows创建的文件 “\n”表示用户创建的文件;
Ø "<field>: <desc>" 指定关于某个字段的信息,每一行称为“field specification”或简称“field”
Ø "<key>:=<value>" 键值对
Key的长度必须多于一个字符,value可以为空
Ø 注释行以#开头
NRRD 文件头包括magic,字段信息,键值对和注释。文件头后面紧跟一空行,分割文件头
Ø dimension: <int> 维度信息表示
每个轴上的样本数是每个轴的必需信息
sizes: <size[0]> <size[1]> ...<size[dim-1]>
size[i]表示对应轴i上的样本数目,轴排序从最快到最慢(from fastest to slowest)
Ø type: <type>
type标记包括int,float,unchar,block
Ø encoding: <encoding>
说明数据写入的格式,ascii,raw,hex
Ø Space:<spacce>
指定数组所在的特定空间,
Space dimension: <int>
Space origin : <vector>
数组中第一个样本的中心位置,该值在数据文件中首先给出,或者占据最低内存地址
Space directions: <vector[0]><vector[1]> <vector[2]>……<vector[dim-1]>
给出每个轴的方向和间距
(4) PAR/REC—Philips MRI scannerformats
(5) MINC—Medical Imaging NetCDF
MINC 代表的是医疗图像 NetCDF 工具包
MINC2 从 NetCDF变换成了HDF5,HDF5支持无限制多的数据类型,并且是为灵活高效的I/O和大容量的复杂数据而设计的,有助于MINC2处理大量的复杂数据集。