3D U-Net安装爬坑过程之caffe编译（anaconda3）

3D U-Net安装爬坑过程之caffe编译

3D u-net官网链接
最近在捣鼓三维语义分割，然后摊上了这么个网络用的caffe，又开始了折磨的编译之路。记录一下爬过的坑，以示后人。

准备工作

代码包下载解压：从官网下载解压出来的重点是一个.patch文件，看上去是个补丁，我也不是很懂。
caffe包的获取和合并：按照readme文件中的步骤进行，一定要按照这个步骤，不可以直接下载caffe压缩包解压，否则git的一连串命令都无法进行。gti clone可能会出现超时，需要分时段多试几次，也可以更改host
caffe的编译，采用cmake编译。按照http://caffe.berkeleyvision.org/installation.html官网上的安装教程，遇到第一个坑Could NOT find LMDB

Could NOT find LMDB

通过补充安装库解决：

sudo apt install libgflags-dev libgoogle-glog-dev liblmdb-dev -y

继续Cmake遇到了第二个坑Could NOT find Atlas

Could NOT find Atlas

百度大法告诉我这个是缺openblas，重回caffe安装指导页面检查发现是Prerequisites里的BLAS忘记装了。到BLAS网站下载BLAS安装包，在解压出来的文件夹内新建buid文件夹，然后cmake ../ 。可能会报错，告诉你没有lapack，根据报错的提示一句句运行就可以编译安装lapack。然后再安装BLAS。再回到caffe的build文件夹，使用cmake -DBLAS=OPEN ..的方式打开BLAS编译。

指定编译的python版本

这个错误因人而异，报错大概是说找不到Numpy或者The dependency target “pycaffe” of target “pytest” does not exist啥的，然后仔细看可以看到cmake的输出中有一行关于Python编译器的。可能是找不到路径也可能是找到的是系统Py2.7版本的路径，所以会报错，需要在caffe根目录的CMakelist.txt里加上这样的语句：

# anaconda path
set(ENVS_INCLUDE /usr/local/anaconda3/include)
set(ENVS_LIB /usr/local/anaconda3/lib)
set(ENVS_EXECUTABLE /usr/local/anaconda3/bin)

其中的路径改成自己anaconda3的路径，回到build目录继续上面的cmake语句，可能还是会找不到，这个时候需要把build文件夹清空然后重新cmake。注意不要清空错了，是清空build文件夹，就可以看到找到对应的anaconda 的python路径了。

C++ 版本问题

遇到报错一大串然后拉到开头发现提示是c++版本
参考这一博客重新cmake解决