CP2K9.1安装-CPU版本
1.官网下载地址
官网下载地址
2.下载cp2k-9.1.tar.bz2
3.对下载好的文件包进行解压
tar jxvf cp2k-9.1.tar.bz2
解压完成会得到cp2k-9.1的文件(图片是用7.1版本代替,步骤都一样的)
4.通过*/tools/toolchain*方法安装
toolchain脚本的位置
/tools/toolchain/install_cptk2_toolchain.sh
准备编译器GNU编译器
查看gcc g++ gfortran 这三个的版本,如果没有请用yum下载8.5或以上
gcc -v
g++ -v
gfortran -v
准备intel mkl数学库(已经有Intel mkl库的可以滤过,直接加载mkl库即可)
加载intel mkl 数学库
source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
查看一下库的帮助文件
./install_cptk2_toolchain.sh -h
在次执行该命令进行编译数学库(时间可能需要30分钟到1小时)
./install_cptk2_toolchain.sh
代表我们的脚本已经执行成功了(根据返回的提示信息进行操作)
提示把文件复制到/cp2k-9.1/arch/下
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cp /opt/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/arch/* ../../arch/
执行make命令
make -j 122 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg"
完成没有报错,进行测试
make -j 122 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg" test
执行完之后的总结文件,主要看两个参数:
FAILED 计算失败的个数
WRONG 计算不准确的个数
CORRECT 计算成功的个数
参数误差1-3可以接受, 误差太多说明安装方面有问题请重新来过!
重点:如果在编译install_cptk2_toolchain.sh数学库的时候报错,请去日志文件进行查看,哪里报错处理那。
日志文件位置
/tools/toolchain/build
进入报的的目录非零的返回值文件
查出所得的日志
find -name *.log
报错信息会出现在这三个文件中,请查看进行解决。
(自己遇到的问题)安装elpa报错,请更改
vim /tools/toolchain/scripts/install_elpa.sh
在第84行之前加入
SCALAPACK_LDFLAGS="-L$MKL_HOME/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_sequential \
-lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -lm -Wl,-rpath,$MKL_HOME/lib/intel64" \
SCALAPACK_FCFLAGS="-L$MKL_HOME/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_sequential \
-lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -lm -I$MKL_HOME/include/intel64/lp64
5.单台机器操作已经装完,下面多台机请在节点上安装GNU编译器。否则无法并行会报错。
yum -y install gcc
yum -y install gcc-c++
yum -y install gcc-gfortran