数据库 | ViroidDB:类病毒及类病毒样环状RNA数据库

类病毒,又称感染性RNA、病原RNA、壳病毒,是已知最小的传染因子。对类病毒的研究可能为揭示生命起源和进化、生命过程的实现等生命科学的重大理论问题作出贡献,随着高通量测序的发展,越来越多的学者开始关注类病毒的研究。ViroidDB是目前已知最完整的数据库,为类病毒RNA的分析和分类提供一致的、可用的和最新的开放资源。该数据库可访问地址:https://viroids.org

ViroidDB包含了目前已知的类病毒和类病毒环状RNA序列,涵盖约10 000个独特序列,包括类病毒、类逆转录病毒元件、小型环状卫星RNA、核糖病毒和逆转录酶等。

利用ViroidDB数据库,可以预测每个序列的二级结构、核酸酶含量和簇成员,并可以通过序列类型、分类单元或原始数据搜索来浏览数据。

在ViroidDB数据库中,用户可以通过模糊搜索、高度匹配搜索和种子搜索,得到序列的基本信息、样本收集信息以及FASTA格式的核苷酸序列和资源链接。切换核苷酸序列,可以获得反向互补序列、二级结构、以及DNA和RNA碱基之间的转换,还可以直接复制或下载FASTA格式的核苷酸序列。

Tips

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参考文献

ViroidDB: a database of viroids and viroid-like circular RNAs. Nucleic Acids Research, 2021.

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转载自blog.csdn.net/SHANGHAILINGEN/article/details/128653650