OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate

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  †《LAMMPS小技巧》: ‾ \textbf{ \underline{\dag《LAMMPS小技巧》:}}  LAMMPS小技巧》: 主要介绍采用分子动力学( L a m m p s Lammps Lammps)模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧(难度: ★ \bigstar
  ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag《LAMMPS实例教程—In文件详解》:}}  ††LAMMPS实例教程—In文件详解》: 主要介绍采用分子动力学( L a m m p s Lammps Lammps)模拟相关物理过程模拟。(包含:热导率计算、定压比热容计算,难度: ★ \bigstar ★ \bigstar ★ \bigstar
  †††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》:}}  †††Lammps编程技巧及后处理程序技巧》: 主要介绍针对分子模拟的动力学过程(轨迹文件)进行后相关的处理分析(需要一定编程能力。难度: ★ \bigstar ★ \bigstar ★ \bigstar ★ \bigstar ★ \bigstar )。
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一、MS中画出分子结构

在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件,读取到MS中。

在这里插入图片描述

二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场

1. OPLSAA力场

我们可以看到OPLSAA力场文件中,每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。

OPLSAA文件下载
链接:请点击
提取码:1x9o

在这里插入图片描述

2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查

在这里插入图片描述

3. 在MS中设置为对应的原子编号

在这里插入图片描述

三、转换为Lammps可以读取的Data文件

这里采用Lammps目录下的小程序: . / l a m m p s / t o o l s / m s i 2 l m p . e x e \rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe ./lammps/tools/msi2lmp.exe

根据手册执行命令,这里不再赘述 (注意,测试的data文件为 t e s t . d a t a \rm test.data test.data
在这里插入图片描述

四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件

1. 生成LT文件

Moltemplate官网链接

手册中 P 64 P64 P64 页给出了详细介绍
在这里插入图片描述
所以这里我们直接运行就行:(再次注意这里的只需要我们刚才生成的 t e s t . d a t a \rm test.data test.data 文件)
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

2. LT文件结构

运行后生成 对应的 L T \rm LT LT 文件: M o l . l t \rm Mol.lt Mol.lt
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate

1. 运行Moltemplate

在这里插入图片描述

Moltemplate.sh system.lt

2. 生成对应的力场文件

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

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