记录:在Ubuntu服务器里安装成功R后,笔者迫不及待地进行一篇文章里的生信代码复现,其中一个函数需要使用 install_github() 函数从Github中导入别人写好的库,但是发现R中没有这个函数,检查发现原来我还没有安装成功 devtools ,而install_github()函数是devtools工具中的,因此需要再次安装devtools。安装的过程中发现Ubuntu服务器中与Windows中devtools安装方式似乎不同(也可能是版本原因造成的),但没有深究其中原因,仅将两种系统下的安装方式进行整理。
1. Ubuntu 服务器 R 安装 Rtools (我在Ubuntu上使用的安装方式)
install.packages("installr")
(Rtools不能通过常规install.packages()命令进行安装,可以通过installr包进行安装)install.packages("stringr")
library(stringr)
library(installr)
install.Rtools()
2. Ubuntu 服务器 R 安装 devtools
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libxt-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml++2.6-dev
sudo apt-get install libssl-dev
install.packages("devtools")
依次执行上述命令,然后导入devtools
包即可使用install_github()
函数
3. Windows 中 R 安装 Rtools 以及 devtools
在Windows系统内,我参考两个博客的内容进行安装的,人家介绍的特别详细,传送:博客-1, 博客-2