1. 肠型
被描述为“在群落组成的多维尺空间中样品密集的集群”,并且其不会受年龄、性别、文化背景和地理位置的影响。对每一种肠型的特性研究,发现共存的微生物网络中心存在一种指示/驱动类群,即这一类微生物与给定的肠型最相关。
2. 肠型分为3种,且可以混合存在
- 肠型1,又可以表示为ET B,Bacteroides(拟杆菌)是其最好的指示类群;
- 肠型2,又可以表示为ET P,是由Prevotella(普氏菌)驱动的,它的丰度通常与拟杆菌的丰度成反比;
- 肠型3,又可以表示为ET F,是通过Firmicutes(厚壁菌)占比高低来区分的,其中最主要的类群为Ruminococcus(瘤胃球菌)。
3. 肠型在线分类工具
理论文章:Enterotypes of the human gut microbiome-人体肠型的划分
文献:https://www.nature.com/articles/nature09944
包含三大数据集
发现网站共包含了非常宝贵的数据,特别是中国人的疾病数据,以后进一步细看文章内容
278个健康人的非肥胖和肥胖人样品数据集
Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers-肥胖人肠道微生物的生物标志
文献:https://www.nature.com/articles/nature12506
测序数据:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB4336
测序类型:宏基因组
中国人二型糖尿病患者宏基因组数据
A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes-二型糖尿病人的肠道宏基因组
文献:https://www.nature.com/articles/nature11450
测序数据:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRA045646
测序类型:宏基因组
人类基因组计划的粪便样品
Structure, function and diversity of the healthy human microbiome-人体肠道微生物的结构功能和多样性
文献:http://dx.doi.org/10.1038/nature11234
测序数据:242例临床筛查的无病个体中,收集了多达18个位点的微生物组样本
测序类型:16S、宏基因组
参考文章:
Nature Microbiology:肠道菌群如何划分肠型
https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79167163