1. 背景:
最近在利用蔡司的X射线显微镜进行物体扫描时,想要去找到具体的投影数据,利用自己的重建算法进行重建,发现蔡司公司把这个中间投影过程全部省略了,最后只给你一个重建好后的三维图像切片文件夹,不给中间一张一张的投影切片,很是头大。
于是去根目录下找,只找到了后缀名为txrm的文件。想把它转换为matlab能够打开的通用的tiff格式的三维图像文件,费了不少力气。在此记录一下。
2. 方法:
python已经有封装好的库:txrm2tiff
GitHub - DiamondLightSource/txrm2tiff:将 txrm/xrm 文件转换为 OME tif/tiff 文件
1.安装python库:
conda install -c conda-forge txrm2tiff
或者:
python -m pip install txrm2tiff
一般第一个好用,会受到网速影响,耐心等待即可
2.打开命令行,进行格式转换
txrm2tiff --input "txrm文件路径" --output "tiff文件路径" --ignore-ref
注意这是对于文件夹的操作,可以新建文件夹。