有些应用场合中，单MCU内会采用BootLoader+APP1+APP2的加载模式，程序启动时先进入BootLoader程序，依据设定条件跳转至APPx应用运行；为满足此类需求，设计多达三个程序文件(含BootLoader时只能下载最多两个APP程序文件，若单独下载BootLoader则可以下载多达三个APP程序文件)下载功能，脱机下载时ELinkPROG工具把多个程序文件合并为单个镜像文件(并依据目标板MCU进行地址与范围识别)至编程器脱机存储器内。
需要注意的是加载的程序文件必须为原二进制格式文件，如.hex和.bin格式文件。