sickel使用滑窗,连同碱基质量和长度阈值,到窗口的平均质量超过阈值把他作为5'末端,直到窗口中平均质量低于阈值,作为3' 若此时长度小于指定长度阈值,则丢弃这条reads
- 安装
- wget https://github.com/najoshi/sickle/archive/master.zip
- unzip后进入目录
- make ###哇头一次安装软件那么简单
- 在 .bashrc中 alias sickle='your path/sickel'
- 使用 以PE为例
sickle pe [options] -f <paired-end forward fastq file> -r <paired-end reverse fastq file> -t <quality type> -o <trimmed PE forward file> -p <trimmed PE reverse file> -s <trimmed singles file>
以上是输入与输出,
还有-t 输入质量类型 是solexa (CASAVA < 1.3), illumina (CASAVA 1.3 to 1.7), sanger (which is CASAVA >= 1.8)其中之一
-q window的平均质量低于这个值会被trim掉,默认20
-l reads低于这个数值会被trim掉
-g 输出文件会被gzip
-quiet 不输出trimming 信息