概念
宏基因组(Metagenome):即环境中全部微小生物遗传物质的总和,包含了可培养的和未可培养的微生物的基因;
宏基因组学 :以特定环境下微生物群体基因组为研究对象,利用新一代高通量测序技术(NGS)研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等;
(直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析,可得到群落中各种微生物的分类 信息及所有微生物的基因信息,有助于对群落潜在的功能进行深入分析)
应用:***(重点)
分析技术(套路)
1、测序数据质量评估,去接头、低质量( Trimmomatic/fastp )
2、拼接(MEGAHIT,资源消耗少,时间消耗短,组装结果优,reads利用率高)
3、基因预测(MetaGeneMark, 对预测的结果进行过来处理,比如,过滤掉小于100bp的核酸序列)
4、去除冗余,构建基因集(cd-hit, cd-hit-est)
5、基因丰度分析(bowtie2 比对 进行丰度统计比对,条件:比对上,质量值大于1)
6、差异基因分析(包括轶和检验、LEfSe组间差异分析、STAMP差异分析)
7、基因注释 (软件:diamond 数据库NR、KEGG、COR、CAZy、CARD)
8、物种注释(LCA NCBI Taxonomy)
aphla多样性分析(稀释曲线、累积曲线、多样性指数)
beta多样性分析(PCA、PCoA、Anosim、NMDS)
分类组成分析(物种分类、物种丰度、聚类分析、Venn 图、三元相图、GraPhlAn)