Android安装包的后缀都是.apk， apk是Android Package的缩写。 解压apk文件后包含AndroidManifest.xml、assets目录、classes.dex(还可能有 classes2.dex,classes3.dex...classesN.dex)、lib目录、META-INF目录、res目录和resources.arsc。
AndroidManifest.xml对应源代码中的AndroidManifest.xml, 但这里是编译过的，文件内容已经不同了。
assets对应源代码的assets目录， 是直接复制过来的。
classes.dex是包含所有Java文件对应的字节码。
lib目录对应源代码中的libs目录，包含so文件。
META-INF目录包含CERT.RSA、CERT.SF、MANIFEST.MF等， 保存了各个资源文件的SHA1值，用于校验资源文件是否被篡改，从而防止二次打包时资源文件被替换。
res目录对应源码的res目录， 包含各种图片、xml等。
resources.arsc包含了各个资源文件的映射， 可以理解为索引， 通过该文件能找到对应的资源文件信息。
打包过程：
这张图清晰的描述了整个打包过程， 可以跟Android SDK的build-tools目录对应起来。
Android编译打包过程主要分为如下7个步骤：
1. aapt过程
使用文件aapt/aapt2打包res目录资源文件， 生成R.java、resources.arsc和res目录。
R.java保存了所有id的值， 数据类型都是整型。
2、aidl生成Java文件
AIDL是Android Interface Definition Language的简称， 是Android跨进程通讯的一种方式。 检索工程里所有的aidl文件，并转换为对应的Java文件。
3、 Javac编译。
使用JDK里的javac编译R.java、aidl生成的Java文件、Java源文件， 并生成.class文件。
4、 生成dex文件。
通过dx工具将.class文件生成为classes.dex， 目前的gradle multi-dex编译方式会生成classes2.dex ... classesN.dex。
5、 生成apk文件。
使用ApkBuilder将resources.arsc、res目录、AndroidManifest.xml、assets目录、dex文件打包成apk， 具体逻辑是在com.android.sdklib.build.ApkBuilder中实现的。
6、签名apk文件。
使用apksigner为安装包添加签名信息。
7、 zipalign优化签名包。
使用zipalign工具对签名包进行内存对齐操作， 即优化安装包的结构。
综上所述， Android SDK中build-tools目录提供了各种程序， 都是独立可运行的，可以认为Android Studio编译打包过程是对这些工具的封装。
只打包部分代码/资源需要设置gradle sourceSets， 多渠道打包可以参考美团做法或使用mulchannel
参考：
Android gradle SourceSets介绍与使用