一) 安装流程软件
下载软件,配置环境变量,这里不做介绍
二)下载原始数据
2.1)建SRR_Acc_List.txt文件放置将要下载的SRR号(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP033351)
#查看step1脚本的内容:cat step1_download_rawdata.sh
echo start at time
cat /home/jxdong/airway/doc/SRR_Acc_List.txt |while read id ;do (prefetch ${id} &);done
echo finish at time
##投递脚本
nohup bash step1_download_rawdata.sh &
##如果下载速度很慢的话,用下面的命令杀掉:
#ps -ef |grep prefetch|awk '{print $2}'|while read id ;do kill ${id};done
结果:该步骤会自动生成一个文件夹里面放置的下载的数据:/home/jxdong/ncbi/public/sra
l -lh /home/jxdong/ncbi/public/sra