在构建完binmap之后，往往需要统计各亲本占群体的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte群体，我们假设B73的基因型为A，teosinte的基因型为B，如果我们需要统计在整个群体中teosinte所占的基因型比例，这时候我们需要先将群体中所有B基因型的bin的区间都提取出来，生成一个bed文件，如下图，该bed文件共有三列，第一列为染色体名称，第二列为其中一个基因型为B的bin的起始物理位置，第三列为同一个bin的终止物理位置。
bedtools merge可以对bed文件的区间进行取并集操作，但是如果我们直接使用bedtools merge对bed文件经常操作，往往会出现如下报错：
该报错的意思是bed文件的各个区间没有进行sort处理，很显然我们的第一反应是用linux 下的sort进行操作，如下：
结果表明，linux下自带的sort命令并不能胜任，于是我们尝试第二种策略，使用bedtools自带的bedtools sort进行排序：
这样我们就得到了在群体范围chr2中teosinte所占基因型的全部总长，累加10条chr的teosinte的全部长度，然后处以参考基因组的总长，就是在整个群体中teosinte所占基因型的比例，也就是该群体中teosinte在参考基因组中的覆盖度。
总结如下：
统计binmap中某一亲本基因型的比例，先将包含该亲本基因型的所有bin的起始和终止的物理位置生成一个bed文件，然后先使用Linux下的sort和bedtools sort同时对该bed文件进行排序，再使用bedtools merge进行取并集，就可以得到该亲本基因型在参考基因组上的覆盖长度，最后用该亲本的基因型全部总长处以参考基因组的总长度，即可以得到该亲本在群体中所占的比例（该亲本基因型在参考基因组上的覆盖度）