网上有那种直接在java EE视图中处理冲突的解决办法：http://blog.csdn.net/laizhenhai88/article/details/7233666
，但我觉得还不够直观，最好直接在Team视图中处理。
1、工程->Team->同步：
2、从远程pull至本地，就会出现如下内容：
3、使用Merge Tool，执行第二项
使用HEAD合并后的效果：
4、再手动修改
4、修改后的文件需要添加到git index中去：
5、冲突文件变为修改图标样式，再提交至本地，此时的提交便是merge合并：
6、此时需要pull的向下箭头和数量没了，注意图标的变化：
7、现在可以直接push到远程了：
此时configure->save and push一步步执行冲突就搞定了。