RStudio制作包含Rcpp代码的R包

前面博客中有提及,当我们进行模拟想要再次进行提速时,通常都会使用Rcpp将我们的R代码改成C++代码。具体Rcpp的使用可参考博客:让你的R代码更快——Rcpp入门利用RcppEigen进行矩阵运算

平时在我们使用的时候,直接使用Rcpp::sourceCpp()就可以直接将我们的C++代码中的函数进行导入,这不会遇到什么问题,但如果我们想要使用snowfall进行并行时就不能再这样做了。遇到的问题在博客中有进行说明:R中两种常用并行方法——2. snowfall

而解决这个问题的有效途径,就是将我们的Rcpp代码进行打包,然后再对包进行调用。下面我们就来介绍:如何使用RStudio制作包含Rcpp代码的R包。


1. 创建项目

首先我们进入RStudio,然后选择左上角的FileNew Project


新建项目

新建Project后会得到如下图所示的界面,我们接着选New Directory


再选择R Package


最后在得到如下所示的界面后,我们在Package Name中输入我们包的名称,然后再在下面选择Add,将我们的.cpp格式的C++文件选择进去(里面是我们的函数)。最后点击Create package,即可创建一个R包的project了。


创建完之后,RStudio会弹出一个新的界面,如下图所示。
Project

然后我们需要对下述界面里面的一些配置文件进行一定的修改,然后才能完善我们的R包。


2. 修改一些文件

从上面界面的右下角的Files框框中,可以发现已经多出了很多文件,包括DISCRIPTION等文件以及manRsrc三个文件夹。

R文件夹中存的是R代码,src文件夹中是C++代码(包括我们之前添加的C++代码)。




可能你的C++代码中只有添加进去 .cpp文件,由于我的代码中不止使用了 #include <Rcpp.h>,还有使用 #include <RcppEigen.h>,也就是Eigen库进行矩阵操作,所以会多出两个转化的文件。

其实到这里,如果只用了Rcpp里面的一些函数,没有用到C++中的Eigen或者其他库,这时候就已经可以直接包成一个包了,但是会比较丑,这时我们可以修改一些DISCRIPTION文件,添加一些作者姓名等一些重要信息。
DISCRIPTION

直接点开DISCRIPTION文件,会如上图所示,我们直接进行修改即可。这里需要注意一下,Imports里面涉及到软件的版本,是根据你R中现有包的版本来,如果想让更多的电脑使用,在不影响程序使用的前提下,可以适当降低依赖包的版本。


3. 打包

最后一步就是打包,这里介绍两种打包方式:

  1. 选择上方的Build——Build Source Package


  2. 点击右上角的Build中的Build & Reload


第一种方法打包成功后,当下面出现DONE字样时,说明包会在默认路径下安详地躺着了。
第二种方法打包成功后会自动library载入。


4. 使用Eigen或其它依赖库会出现的问题

如果我们再.cpp文件中使用的不止有Rcpp库,还有别的库,比如说Eigen。这时需要注意,用上面的方法打包是失败的,会显示没有Eigen这个库。

这个解决的方法也很简单,直接在DISCRIPTION文件的LinkTo后面加上RcppEigen即可,如下图所示:
RcppEigen

这时就可以开心地享用新鲜出炉的包来做snowfall并行或者发给别人使用啦!

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转载自blog.csdn.net/weixin_41929524/article/details/82260929