bamtools安装网址:https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki/Building-and-installing
功能:个人暂时用到的,将*.bam文件按照某种要求划分为几个文件,某种要求是你想做的事。
目的:安装完成bamtools,并进行简单使用,归纳一些安装遇到的问题。
安装思路有两种方法:
方法一、源码下载安装:
下载和安装是不同的步骤,通过wget “网址“下载文件。
步骤:1.在lunix命令行下,通过wget ”网址“下载软件,这是下载软件。
2.进行编译为二进制文件,要求cmakeban'版本在3.0以上,通过cmake --versioncha'查看版本信息,我就在这里遇到问题,始终安装的原因就是cmake的版本问题,大家可以多注意。要进行cmake的更新,###https://cmake.org/download/,这里就不拓展。
3.建立新的文件夹 $ mkdir build&& $ cd build
$ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/build
--prefix= 这里的文件路径目的是等会安装软件的的位置。
曾经不知道如何在自己的家目录下安装软件,直到遇到了这个命令,豁然开朗。在服务器下载软件安装在自己的家目录下非常有用。
3.make ##进行编译
4.make DESTDIR=/build install ##安装
5.添加至环境变量
方法二、conda安装
一行命令就搞定 conda install bamtools
总结一下:由bamtools延伸到源码的安装
源码安装方法 1.下载软件
2.在含有下载软件的文件夹内,./configure
3.make
4.make install
参考:Linux源码安装步骤 https://www.cnblogs.com/benwu/articles/8436209.html