0.摘要
NEST是一款模拟神经网络模型的模拟器,它关注的是神经系统的动力学、大小和结构,而不是单个神经元的形态学。
NEST平台是任意尺寸的脉冲神经网络的理想选择,例如:
- 信息处理模型,例如在哺乳动物的视觉或听觉皮层,
- 网络活动动力学模型,例如层状皮层网络或平衡随机网络,
- 学习和可塑性的模型。
本文主要介绍在python3环境下安装nest模拟器,python2的用户可以参考本文内容,修改响应参数和路径完成安装。
1.安装步骤。
首先尝试了官方给出的Homebrew安装步骤,但由于一些与python版本相关的配置存在问题,最终未能成功安装;
之后,尝试了手动安装方式,成功安装。
以下介绍手动安装方式:
step1:安装Xcode from the AppStore
step2:在Terminal执行命令,以安装 Xcode command line tools
xcode-select --install
step3:安装依赖库
brew install gcc cmake gsl open-mpi libtool
step4:建立安装目录并解压文件
mkdir NEST # directory for all NEST stuff
cd NEST
tar zxf nest-simulator-x.y.z.tar.gz
mkdir bld
cd bld
step5:安装
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Users/shangyj/my_software/bld \
-DPYTHON_EXECUTABLE=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3 \
-DPYTHON_LIBRARY=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/libpython3.6m.dylib \
-DPYTHON_INCLUDE_DIR=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/include/python3.6m \
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \
-Dwith-mpi=ON \
/Users/shangyj/Downloads/nest-simulator-2.16.0
make -j4 # -j4 builds in parallel using 4 processes
make install
make installcheck
如果考虑升级或者重装,可以使用vim cmake.sh,将cmake命令存为cmake.sh文件,安装时只需要source cmake.sh即可。
step6:添加环境变量。不添加环境变量,nest将只能在安装目录下调用,其他位置无法调用。
export PATH=$PATH:/install/path/bin
export PYTHONPATH=/install/path/lib/pythonX.Y/site-packages:$PYTHONPATH
注意,这里的pythonX.Y/site-packages是在安装目录下的,而不是系统中python/site-packages。