二代测序技术比较：
| 公司 |
平台名称 |
测序方法 |
检测方法 |
读长（bp） |
优点 |
相对局限性 |
| 罗氏/454 |
基因组测序仪FLX系统 |
焦磷酸测序法 |
光学 |
230-400 |
二代测序中读长最长；比一代测序通量要大 |
样品制备较难；难于处理重复和同种碱基多聚区域；试剂冲洗带来错误累积；仪器昂贵； |
| Illumina |
HiSeq2000(4000)/Miseq |
SBS |
荧光/光学 |
2x(150-300) |
很高测序通量； |
仪器昂贵；用于书记胡删节和分析的费用很高 |
| ABL/SOLiD |
5500x|SOLID系统 |
连接测序法 |
荧光/光学 |
25-35 |
高通量测序，二代测序平台中，拼接人类基因组的试剂成本最低 |
测序运行时间长；读长短，造成成本高，数据分析、拼接困难；仪器昂贵 |
| Life Technology |
PGM/Proton |
SBS |
以离子敏感场效应晶体管验测PH值变化 |
100-200 |
对核酸碱基的参入可直接测定；在自然条件下进行DNA合成(不需使用修饰过的碱基) |
一步步洗脱过程导致错误累积；阅读高重复和同种多聚序列时有潜在困难 |
| Complete Genomics |
Blackbird |
cPAL |
荧光/光学 |
100 |
通量高；成本低；单测序步骤独立，使错误累积最低 |
低读长；模板制备妨碍长重复序列区域测序；样品制备费事 |