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本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome
作者：植物微生物组
原文链接：植物微生物组公众号
植物微生物组文章目录
组内文章
- 中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律
- Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- Giga Sciences: 植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- 中科院院刊：中国微生物组计划—农作物微生物组综述 导读版 完整版
- Annu. Rev. Genet：植物微生物组综述—系统性见解与展望
- Nature：植物微生物组功能研究 评论 导读 技术解读 1培养组学 2细菌基因组测序 3人工重组微生物群落
- Plant J：细菌挥发性物质和光合信号激活低铁响应途径
文献精读
- FEMS Microbiology Reviews:如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪上 中 下
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- Nature综述：人类微生物培养以及培养组学
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- 微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
系列教程
统计
- R语言数据处理和变换——dplyr（1）
- 生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 零假设和概率分布Null Hypothesis and Probability Distribution
- 群体、样本、估计和统计功效Populations, Samples, Estimates and Power
- 中心极限定理和t分布Central Limit Theorem and t-distribution
- 置信区间和效应大小Confidence Intervals and Effect Size
- 功效计算Power calculation
绘图
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
- AI科研绘图（一）：零基础入门和基本图形绘制
- AI科研绘图（二）：模式图的基本画法
- AI科研绘图（三）：排版
- 使用ggpubr包添加p值和显著性标记
宏基因组
- 宏基因组入门理论以及分析环境的部署
- KneadData质控宏基因组数据
- HUMAnN2 - 宏基因组代谢通路分析
- Megahit宏基因组测序数据的拼接
- 基因注释Prokka、Prodigal
- 非冗余基因集构建——cd-hit对注释的基因进行聚类
- Salmon进行基因组定量
文章泛读
组会文献
- PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控上 中 下
- PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
- PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- 水稻微生物组 PNAS 2015
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子方法
- Microbiome：重新定义“卫生”的概念
- Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区
- Microbiome：宏蛋白质组揭示健康人肠道菌群功能
- Cell：大肠癌耐化疗药，细菌是帮凶
- Nature：FimH拮抗物选择性抑制尿路致病性大肠杆菌
- Comment：研究微生物，只靠多组学根本不够
- 1003个微生物基因组数据发布
- Science：王二涛组发现植物-真菌互作新机制
- Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定
- 中国微生物组计划-香山科学会议
工作效率
实验分析
组内新闻
- 2018年全国“遗传·发育”研究生学术论坛
- 18年新年晚会节目成功卫冕 & 全所科普微生物改变世界
- 17年11月活动：宏基因组技术专题、乒乓球赛、趣味运动会和健步走
- 博后王鑫在奥森10km计时赛成绩位列Q1
- 新人欢迎贴(2)：向杰平,陈永森,赵学博,刘子轩
- 植物微生组33天受邀原创-诚邀同行分享经验
- 新人欢迎贴(1)：王超博士、秦媛硕士
- 植物微生物组公众号成立
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