VCF比对工具的安装及使用

过程参考https://vcftools.github.io/examples.html

  • 首先下载并编译安装vcftools
git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git
cd vcftools
./autogen.sh
./configure
make
make install

遇到的问题包括:

(1)./autogen.sh时报autoreconf: not found 安装apt-get install autoconf

(2)缺少zlib  sudo apt-get install zlib1g-dev

  • 使用方法

 显示版本信息:

vcftools

比对两个vcf文件

vcftools --vcf input_data.vcf --diff other_data.vcf --out compare


 

tips:sudo apt install vcftools

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