WHERE字句的查询条件里有不等于号
（WHERE column!=...），MYSQL将无法使用索引类似地，如果WHERE字句的查询条件里使用了函数（如：
WHERE DAY(column)=...），MYSQL将无法使用索引在JOIN操作中（需要从多个数据表提取数据时），MYSQL只有在主键和外键的数据类型相同时才能使用索引，否则即使建立了索引也不会使用
如果WHERE子句的查询条件里使用了比较操作符LIKE和REGEXP，MYSQL只有在搜索模板的第一个字符不是通配符的情况下才能使用索引。比如说，如果查询条件是
LIKE 'abc%',MYSQL将使用索引；如果条件是LIKE '%abc'，MYSQL将不使用索引。在ORDER BY操作中，MYSQL只有在排序条件不是一个查询条件表达式的情况下才使用索引。尽管如此，在涉及多个数据表的查询里，即使有索引可用，那些索引在加快
ORDER BY操作方面也没什么作用。如果某个数据列里包含着许多重复的值，就算为它建立了索引也不会有很好的效果。比如说，如果某个数据列里包含了净是些诸如“0/1”或“Y/N”等值，就没有必要为它创建一个索引。
原文摘自：MYSQL索引无效和索引有效的详细介绍