DNA比对
脱氧核糖核酸即常说的DNA,是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为:A、G、C、T。
DNA携带的遗传信息可以用形如:AGGTCGACTCCA…. 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差,这才最终造就了生物的多样性。
为了简化问题,我们假设,DNA在复制的时候可能出现的偏差是(理论上,对每个碱基被复制时,都可能出现偏差):
1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为:AGT
2. 错码,例如把 AGGT 复制成了:AGCT
3. 重码,例如把 AGGT 复制成了:AAGGT
如果某DNA串a,最少要经过 n 次出错,才能变为DNA串b,则称这两个DNA串的距离为 n。
例如:AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2
你的任务是:编写程序,找到两个DNA串的距离。
【输入、输出格式要求】
用户先输入整数n(n<100),表示接下来有2n行数据。
接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。(每行数据长度<10000)
程序则输出n行,表示这n组DNA的距离。
例如:用户输入:
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT
则程序应输出:
1
1
2
【注意】
请仔细调试!您的程序只有能运行出正确结果的时候才有机会得分!
在评卷时使用的输入数据与试卷中给出的实例数据可能是不同的。
请把所有函数写在同一个文件中,调试好后,拷贝到【考生文件夹】下对应题号的“解答.txt”中即可。
相关的工程文件不要拷入。
源代码中不能使用诸如绘图、Win32API、中断调用、硬件操作或与操作系统相关的API。
允许使用STL类库,但不能使用MFC或ATL等非ANSI c++标准的类库。
例如,不能使用CString类型(属于MFC类库),不能使用randomize, random函数(不属于ANSI C++标准)
一开始想到的答案,运行起来速度慢。
# include <stdio.h>
#include<string.h>
int num=100000;
void compare(char a[],int p,char b[],int q,int cur_num)
{
if(p<0)
{
if(q>0)
cur_num+=q;
if(cur_num<num)
num=cur_num;
return;
}
if(q<0)
{
if(p>0)
cur_num+=p;
if(cur_num<num)
num=cur_num;
return;
}
if(a[p]==b[q])
{
compare(a,p-1,b,q-1,cur_num);
}
else
{
compare(a,p-1,b,q-1,cur_num+1);
}
compare(a,p-1,b,q,cur_num+1);
compare(a,p,b,q-1,cur_num+1);
}
void main()
{
int e[10000];
char c[10000],d[10000];
int n,k=0;
scanf("%d",&n);
for(int i=0;i<n;i++)
{
scanf("%s",c);
scanf("%s",d);
int p=strlen(c);
int q=strlen(d);
compare(c,p,d,q,0);
e[k++]=num;
num=100000;
}
for(i=0;i<k;i++)
{
printf("%d\n",e[i]);
}
}
经过查看网上答案,发现了动态规划可以用来做这道题,代码如下:
# include <stdio.h>
#include<string.h>
int num=100000;
int min(int a,int b,int c)
{
if(a<b)
{
if(a<c)
return a;
}
else
{
if(b<c)
return b;
}
return c;
}
int compare(char a[],char b[])
{
int juli[100][100];
memset(juli,0,sizeof(juli));
int m=strlen(a);
int n=strlen(b);
for(int i=1;i<=m;i++)
{
for(int j=1;j<=n;j++)
{
if(a[i-1]==b[j-1])
{
juli[i][j]=juli[i-1][j-1];
}
else
{
juli[i][j]=min(juli[i-1][j]+1,juli[i][j-1]+1,juli[i-1][j-1]+1);
/*
juli[i-1][j]+1 漏码
juli[i][j-1]+1 重码
juli[i-1][j-1]+1 错码
*/
}
}
}
return juli[m-1][n-1];
}
void main()
{
int e[10000];
char c[10000],d[10000];
int n,k=0;
scanf("%d",&n);
for(int i=0;i<n;i++)
{
scanf("%s",c);
scanf("%s",d);
e[k++]=compare(c,d);
num=100000;
}
for(i=0;i<k;i++)
{
printf("%d\n",e[i]);
}
}