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Rosetta FlexPepDock是Rosetta软件包中最新开发出的一种多肽对接方法，它包含两个对接模式，即优化模式（refinement protocol）和从头对接模式(ab-initio protocol)。refinement protocol主要目的是将低精度的多肽-蛋白质模型优化至高精度模型，因此要求多肽的起始构象应尽可能地接近天然构象。该protocol采用蒙特卡洛最小化方法优化多肽的骨架构象和刚性方向，同时在对接的过程中也考虑了多肽和蛋白质受体的侧链柔性。而当多肽的结构信息未知时，则需要FlexPepDock的从头预测模式ab-initio protocol。该模式首先采用蒙特卡洛优化方法将一条完全伸展的肽链对接到受体蛋白的结合位点附近，并在相互作用界面随机生成一系列多肽初始构象，接下来采用refinement protocol对这一系列低精度模型分别做进一步能量优化，最终根据能量打分函数对全部复合物构象进行定量评价。