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无论PHP也好，java也好，要知道他们这个语言是为了什么而生的。
PHP天生就是做web站的，所以任何web系统，用php都可以做的很炫酷，因为php是偏前端语言，所以php的开发，多多少少对前端比较溜。但是php由于是前端，所以不适用于交易系统、金融系统等等。因为你的代码在前端页面可以直接观看。。。。
你非要用，当然可以的，但是前后端在一起，写的不严谨，后期维护是大问题，当然php也是mvc模式的，前后端可以分离，这个没错，但是语言本身是脚本。
再说说java，java本来就是为了跨平台出生的，专门做后台的，用java做web其实只是用了java作为服务端，严格来说，java并不是做web的，只是可以做web。
因为是服务端语言，所以更加严谨、安全，另外是开源，社区支持多。
java做web其实天生有缺陷。但是java做服务端天生有非常大的优势的。这就是为什么很多银行、电商等等交易型系统都是java语言了。
因为本人在公司担任技术负责人，对php、java都是略熟悉，我们公司主要是做电商。需要web呈现，考虑两者的优缺点，用php做前端、java做后台，是最完美的结合。
总结：语言无好坏，看语言本身的优势，在项目中用它的优势方面。