vcftools --gzvcf xxx.vcf --plink --out xxx

plink --vcf xxx.vcf --double-id A --out step1
plink --tfile step1 --recode --out step2
plink --file step2 --geno 0.1 --maf 0.05 --hwe 0.000001 --make-bed --out step3

vcftools --gzvcf xxx.vcf.gz --keep id.txt --recode --stdout | gzip -c > yyy.vcf.gz
vcftools --gzvcf xxx.vcf.gz --positions pos.list --recode --out yyy
vcftools --gzvcf xxx.vcf.gz --chr 1 --from-bp a --to-bp b --recode --recode-INFO-all --out yyy
vcftools --gzvcf xxx.vcf.gz --freq --out xxx