packmol建模流程--分子动力学

一、建模流程(modelling procedure):

1.美国数据库下载amc、cif文件

2.导入vesta转成pdb1文件

3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件 (1)测模型中心点的坐标,命令: set sel [atomselect top all] measure center $sel 中心点:1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047 (2)X:-2.062 to 5.181 y:0 to 8.945 z:0 to 12.166

4.将pdb2文件和所需建模文件(如:water文件), 一并放到有packmol.exe的文件夹里

5.写好inp文件

6.打开cmd,输入计算命令packmol.exe<xx.inp,即可得到所需模型的pdb3文件。

二、packmol建模流程的操作视频链接:

链接:https://pan.baidu.com/s/1rq3js1cvbMHBWWJXhu6-hA
提取码:xu08
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