版权声明:张晶晶 https://blog.csdn.net/qq_42351541/article/details/90182046
依旧是在配置新的那个集群服务器(没有外网情况下)
1.安装pilon
我们可以wget官方提供的编译好了的jar包
wget https://github.com/broadinstitute/pilon/releases/download/v1.23/pilon-1.23.jar --no-check-certificate
$cd pilon/
pilon-1.23.jar
$java -Xmx16G -jar pilon-1.23.jar
Error: Invalid or corrupt jarfile pilon-1.23.jar
尴尬,同样的文件能下载但是用不了,不知道是不是因为加了–no-check-certificate,不安全导致的
look,我在另一台服务器上运行(有外网),就有结果,(⊙﹏⊙)神奇
java -Xmx16G -jar pilon-1.23.jar
Pilon version 1.23 Mon Nov 26 16:04:05 2018 -0500
Usage: pilon --genome genome.fasta [--frags frags.bam] [--jumps jumps.bam] [--unpaired unpaired.bam]
[...other options...]
pilon --help for option details
后续再写