1、指控
nohup sh 00.分析命令与脚本/01fastq质量控制/01批量fastp.sh -i 01.rawdata -o 02.cleandata -n 6 &
2、比对
sh 00.分析命令与脚本/03CallVariantsPerSample/01HaplotypeCaller.sh -i 02.cleandata/ -o 03.mapped_bam/ &
3、GATK
nohup sh 00.分析命令与脚本/03CallVariantsPerSample/01HaplotypeCaller.sh -i 03.mapped_bam/ -o 04.gvcfs_per_sample/ -n 5 -t 4 &