此问题有两种解决办法，来创建src目录。
第一种：修改工程的gradle配置：
Preferences -> Build,Execution,DeployMent -> Build Tools -> gradle
将Create directories for empty content roots automatically选上；。
第二种：修改gradle配置文件，新建一个task：
1.首先在gradle配置文件中添加一个task；
task 'create-dirs' {
doLast {
sourceSets*.java.srcDirs*.each { it.mkdirs() }
sourceSets*.resources.srcDirs*.each { it.mkdirs() }
}
}
2.配置命令运行task；
Run -> Edit Configurations -> 点击+ -> 选择gradle -> 填写名字，选择工程，填写需要运行的Tasks（create-dirs），然后点击ok，run即可。