Entrez是一个搜索引擎，国家生物技术信息中心（NCBI）网站集成了 几个健康科学的数据库，如：如“科学文献，DNA和蛋白质序列数据库， 蛋白质三维结构，蛋白质结构域的数据，表达数据，基因组完整拼接本等。

Entrez的编程工具”（eUtils）：通过它把搜索的结果返回到自己编写的程序里面， 需要提供URL，并且自己解析XML文件。 Entrez模块，利用该模块可以省去提供URL和解析XML的步骤。

Entrez模块中的函数， 同时也是eUtils中具有的一些函数：

从pubmed中查找相关文献， 所有返回的结果用Entrez.read()解析

from Bio import Entrez

my_em = '[email protected]' db = "pubmed"

# Search Entrez website using esearch from eUtils

# esearch returns a handle (called h_search) 主要用来返回id，

h_search = Entrez.esearch(db=db, email=my_em,

　　　　　　　　 term="python and bioinformatics")

record = Entrez.read(h_search) # Parse the result with Entrez.read(),record是字典

res_ids = record[“IdList”] # Get the list of Ids returned by previous search. 该键的值是列表

# For each id in the list

for r_id in res_ids:

# Get summary information for each id

　　 h_summ = Entrez.esummary(db=db, id=r_id, email=my_em)

　　# Parse the result with Entrez.read()

　　 summ = Entrez.read(h_summ) #返回一个列表，第一个元素是字典，不同的数据库返回的数据的结构不一样

　　print(summ[0]['Title'])

　　print(summ[0]['DOI'])

　　print('==============================================')

结果：

do_x3dna: A tool to analyze structural fluctuations of dsDNA or dsRNA from molecular dynamics simulations. 10.1093/bioinformatics/btv190

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RiboTools: A Galaxy toolbox for qualitative ribosome profiling analysis.

10.1093/bioinformatics/btv174

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Identification of cell types from single-cell transcriptomes using a novel clustering method. 10.1093/bioinformatics/btv088

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Efficient visualization of high-throughput targeted proteomics experiments: TAPIR.

10.1093/bioinformatics/btv152