方案（1）
//屏蔽快捷键 ((IBindingService)PlatformUI.getWorkbench().getAdapter(IBindingService.class)).setKeyFilterEnabled(false);
PS.:这个能屏蔽所有的Binding 包括自定义的，这显然不合适。
方案（2）
采用默认的ContextID：org.eclipse.ui.contexts.window
在plugin.xml中实现：
<extension
point="org.eclipse.ui.bindings">
<key
commandId="org.xxx.SaveConfigHandler"
contextId="org.eclipse.ui.contexts.window"
schemeId="org.eclipse.ui.defaultAcceleratorConfiguration"
sequence="CTRL+S">
</key>
</extension>
PS：这就导致了标题中提到的问题，同时有两个快捷键。
方案（3）（有效解决方案）
指定自定义ContextID，只有在该ContextID下快捷键才有效，而非默认的ContextID
在plugin.xml中实现：
<extension
point="org.eclipse.ui.bindings">
<key
commandId="org.xxxx.SaveConfigHandler"
contextId="MyConfigEditor.Context"
schemeId="org.eclipse.ui.defaultAcceleratorConfiguration"
sequence="CTRL+S">
</key>
</extension>
同时扩展：
<extension
point="org.eclipse.ui.contexts">
<context
id="MyConfigEditor.Context"
name="MyConfigEditor Context"
parentId="org.eclipse.ui.contexts.window">
</context>
</extension>
（以Editor下Ctrl+S为例：）
在相应的Editor中
重写起init方法如下：
@Override
public void init(IEditorSite site, IEditorInput input) throws PartInitException {
super.init(site, input);
IContextService contextService =(IContextService) getSite().getService(IContextService.class);
contextService.activateContext("MyConfigEditor.Context");
}