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脑部地图集绘制
数据集来源:Harvard-Oxford 脑部地图集
第一步:下载数据集
数据集文件格式为:
HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii.gz
from nilearn import datasets
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")
"""
构建数据集
如果本地有该数据,则直接使用,
否则,从网络中下载数据
"""
dataset = datasets.fetch_atlas_harvard_oxford('cort-maxprob-thr25-2mm')
atlas_filename = dataset.maps
print('Atlas ROIs are located at: %s' % atlas_filename)
第二步:可视化Harvard-Oxford 脑部地图集
from nilearn import plotting
plotting.plot_roi(atlas_filename, title="Harvard Oxford atlas")
plotting.show()
玻璃脑图(Glass brain)绘制
"""
构建数据
如果本地有该数据,则直接使用,
否则,从网络中下载数据
"""
from nilearn import datasets
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")
motor_images = datasets.fetch_neurovault_motor_task()
stat_img = motor_images.images[0]
玻璃脑图(Glass brain)绘制:全脑失状切面
from nilearn import plotting
"""
全脑失状切面
"""
plotting.plot_glass_brain(stat_img, threshold=3)
玻璃脑图(Glass brain)绘制:黑色背景
"""
黑色背景设置:black_gb=True
显示模式:仅显示x和z视图 display_mode='xz'
"""
plotting.plot_glass_brain(
stat_img, title='plot_glass_brain',
black_bg=True, display_mode='xz', threshold=3)
玻璃脑图(Glass brain)绘制:半球矢状切面
plotting.plot_glass_brain(stat_img,
title='plot_glass_brain with display_mode="lyrz"',
display_mode='lyrz', threshold=3)
plotting.show()
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