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Rmarkdown可以将R代码嵌入到markdown格式文件中,动态生成研究报告。
通过knitr、pandoc可以将同一份报告编译成各种格式(html、word、pdf),同时借助Rmarkdown一系列扩展包,可以制作书籍、静态网站、幻灯片等。
组成部分
Rmarkdown文件以.Rmd
为扩展名。
内容上包括三部分:
- yaml文件头,放在文件开头部分。用以规定标题、日期、作者、输出格式和一系列相关输出设置。
- 正文,用markdown语法书写的文本。
- 以
开头,以
结尾的代码段。快捷键为ctrl + alt + i
。
安装
install.packages("rmarkdown")
命令,按照Rmarkdown包。
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Rmarkdown需要借助pandoc进行渲染,Rstudio内置pandoc软件,无需安装。否则,需要安装pandoc软件。
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Tinytex
生成PDF文件时需要借助LaTex软件帮助,可以安装Tinytex。输入tinytex::install_tinytex()
命令,期间会出现两次错误提示无需理会。安装完成即可。
一个简单的例子
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RStudio中点击File -> New_File -> R Markdown。
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输入标题和作者及输出格式,确认即可。
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点击右上角保存图标,将文件保存为
Rmd
结尾文件。 -
按knitr按钮,编译文件即可,以弹出窗口显示结果。
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也可以点击设置按钮,将结果显示在viewer面板中。
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结果