质控参数简介

Min Tailing Qual: 从读段 3 端开始切除质量值低于 指定值 的碱基,这个有必要的话,可以提高
Min Leading Qual: 从读段 5 端开始切除质量值低于 指定值 的碱基,这个除非数据用于组装,否则不建议使用,主要原因是可能引入过多看似测通甚至正反向读段位置不合理的数据
Crop(kept 5’end): 从读段 5 端开始,保留指定个碱基,其他切掉,这个参数一般用于数据去 Bias,在某些情况下用到,比如大规模的做,对于同个实验产生的数据,几乎不可能用上
Crop(remo 5’end): 从读段 5’端开始,切除指定个碱基,这种在一些数据上有用处,但目前用得不多,可以直接从 FastQC 结果知晓。在小RNA测序数据上,有一定的数据可用上
Sliding WindSize: 滑窗大小,可以调节,默认是 4个碱基 计算一次
Sliding WindQual: 窗口最低平均质量值,低于这个值,会切断读段,保留 5端,舍去 3 端,还是不错的
Min Read Length: 质控后读段最低长度,36 其实还是比较严格的,但没事,二代测序,数据量大,当然按理说 25 以上常常足够了

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