今天我们用几个高分文章中Pathview包的使用案例来对Pathview包有一个更深入的了解，也是从高分文章中借鉴思路，也许在不久之后我们也可以将Pathview包运用在我们的文章当中。

1. 案例一

Selective enhancement of endothelial BMPR-II with BMP9 reverses pulmonary arterial hypertension 。这是一篇16年发表在Nature Medicine（IF：53.44）上的文章，文章的附图1中就用到了Pathview包来展示单样本数据在特定通路上的基因表达量变化。

这两幅图主要是展示PAECs人类肺动脉内皮细胞在接受BMP9刺激后，进行基因芯片检测，观察PAECs在TGFβ通路和凋亡信号通路上的基因的表达量变化。可以看出作者仅仅是使用了Pathview展示了单样本的基因表达量变化，导出的是原始的KEGG视图。

TGF-β信号通路：

apoptosis凋亡信号通路：

2. 案例二

Disease-relevant transcriptional signatures identified in individual smooth muscle cells from healthy mouse vessels，这是一篇18年发表在Nature Communication（IF：14.92）上的文章。文章的附图8里的图也是用Pathview包绘制的。主要内容是血管平滑肌细胞cVSMC的基因表达量和作者定义的cVSMC分数之间的相关系数，将相关系数映射到focal adhesion通路和MAPK信号通路上。

这里比较有意思的是作者映射的内容不再局限于基因的表达量。而相关系数又是两组数据间的关系。所以我们在应用Pathview包时可以不局限于基因的表达量数据，一切可以映射到基因通路上的数据我们都可以尝试。

KEGG pathways for focal adhesion：

MAPK signalling pathway：

3. 案例三

Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host–pathogen interactions，这是一篇2016年发表在Nature（IF：49.96）上的文章。文章的Extended Figure8a就是用Pathview包绘制的。作者用Pathview包绘制了线粒体中氧化磷酸化途径的通路热图，是一个多样本连续性数据的原始KEGG通路图，这幅通路大家在第一期推文的实例部分应该见多，不知道还有没有印象。下面简要介绍一下这幅图。

PhoP激活的小RNA简称pinT（PhoP-activated small RNA）是作者发现的细菌在内化后控制侵袭和毒力相关基因表达的小RNA。这幅图比较的就是分别用△pinT细菌系和普通细菌感染Hela细胞系（3 vs 3）后，在氧化磷酸化通路上基因表达量的变化。

通过Pathview，我们可以将特定通路中所有基因有关的数据都映射到通路图上。这样做而效果就是通路图整体上非常直观整洁，又蕴含有大量信息。

4. 总结

今天我们展示几个高分文章中Pathview包的使用案例，或许能让我们对这个包有更深的理解，或者突然有了应用灵感，希望日后有机会大家也可以在需要时将Pathview可以应用适合的地方，这也是这个包的意义，也是本教程的目的。

到这里本教程就结束了，希望大家都能有所收获。