【Linux预编译版】
AutoDock Vina可以直接在网站上下载预编译版，不需要自己按上述方法编译安装。
1、下载
从网站上下载“vina_1.2.3_linux_x86_64”预编译版程序。
Releases · ccsb-scripps/AutoDock-Vina · GitHub
2、修改权限
2a. 将vina1.2.3_linuxX86_64文件传送至Linux系统下存放软件的目录下，通过以下命令修改用户执行vina权限：
$ chmod 755 vina_1.2.3_linux_x86_64使vina_1.2.3_linux_x86_64可以被执行。
3、运行方法
$ ./vina_1.2.3_linux_x86_64 #当前路径下运行或
$ /your/path/vina_1.2.3_linux_x86_64 #指定绝对路径下运行如果出现
说明可以正常运行Vina！
3.1、使用命令行运行vina
/mnt/d/vina/vina_1.2.3_linux_x86_64 --receptor docking_datasets/EP4_receptor/5ywy.pdbqt --ligand docking_datasets/EP4_ligand/pdbqt/non_aromatic_ring__input6__variant1.pdbqt --config 5ywy_config.txt --out docking_datasets/docking_results/out.pdbqt
其中5ywy_config.txt的配置如下，需要按照你使用autodock vina的盒子的位置更改下面的内容
示例：
这里的exhaustiveness = 16设置的是你的CPU的线程数
receptor = 5ywy.pdbqt
center_x = -52.178
center_y = -26.035
center_z = 1.675
size_x = 50.0
size_y = 60.0
size_z = 48.0
exhaustiveness = 16
num_modes = 9
使用
python docking/docking_1.py --receptor_file docking/docking_data/EP4_receptor/5ywy.pdbqt --ligand_dir docking/docking_data/EP4_ligand/pdbqt --config_file docking/docking_data/5ywy_config.txt --out_dir docking/docking_data/docking_results