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通过ideogram
和ticks
这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制成精妙的circos 图片,但是这些只是circos的基本功能,染色体只是提供了一个基础的坐标系统,重点是染色体上相关区域的数据如何展示。
Highlights
这个block 提供了一种功能,高亮某个区域,高亮的意思就是用不同的颜色进行填充。比如将CpG岛区域进行高亮,可以直观的查看CpG Island
在染色体上的分布。
和ticks
类似,一个hightlishts
由多个hightlight
构成,示例如下
file
定义了需要高亮显示的区域,至少需要以下3列信息
第一列为染色体的ID,第二列和第三列分别定义了染色体上的起始和终止位置。每一行是一个需要高亮的位置。file
定义了需要高亮的区域在染色体上的实际位置,接下来就是设置highlight
在图中的显示方式。
相关参数可以分成两大类别:
1. 定义位置的参数
有两种定位的方式
- 通过
ideogram
参数
直接设置ideogram = yes
, 此时highlight
就在染色体对应的区域, 如下图所示
- 通过
r0
和r1
参数
高亮的区域在circos
图上展示时,是一个圆环的形状,通过r0
和r1
指定圆环的内径和外径。
通过file
和r0
和r1
这3个参数,就定位了一个hightlight
在图上的位置。当存在多个highlight
区域时,如果相互之间有重叠,肯定需要一个先后顺序,这个先后顺序就是z-depth
, 通过参数z
控制,默认情况下这个参数的值是0。
上面的例子中出现了z=5
, z值越大,表明这个hightlights
的优先级越高,在于其他highlights
重叠时,优先级越高的越先显示
通过r0
和r1
设置的highlights
如下所示:
2. 定义显示方式的相关参数
-
fill_color
填充色,用法fill_color = green
-
stroke_color
边框的颜色,用法stroke_color = dgreen
-
stroke_thickness
边框的粗细,用法stroke_thickness = 2
以上就是highlight
的基本用法,在实际使用中, 还有一个技巧需要掌握,就是在file
文件中定义参数,有以下两种使用场景。
1. 创造多彩的hightlight
在file 文件中,为不同的区域设置不同的颜色, 示例
这样画出来的highlight
就是多彩的,比如下图中的两圈多彩的highlight
2. 创造不规则形状的highlight
在file 文件中, 为不同的区域定义不同的r0
和r1
, 示例
就可以生成下图中最内圈的highlight
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