snp 突变命名 速查

  • "g.” ---- genomic sequence(基因组) (例如:g.189 G>C)

  • “c.” ---- cDNA sequence(cDNA) (例如:c.333 G>T)

  • “m.” ---- mitochondrial sequence(线粒体) (例如:m.986 T>C)

  • “r.” ---- RNA sequence(RNA) (例如:r.76 U>G)

  • “p.” ----protein sequence(蛋白序列) (例如:p.K97A)

  • g.189 G>C:表示第189位G变为C

  • g.189+1G>T:表示第189位后的内含子区第一个核苷酸由G变成T

  • IVS2+1G>T:表示内含子2的第一位由G变成T

  • 190-2A>C(或IVS2-2A):表示第190位上游的内含子区第2个核苷酸由A变成C,或内含子2倒数第二位A变成C

① 错义突变表示方式(missense):W26C 表示26位的色氨酸(Tryptophan,W )变为半胱氨酸(Cysteine,C)。
② 无义突变表示方式(nonsense): W26X表示26位变为终止密码子(stop condon, X)
③ 起始密码子改变的表示方式:其实密码子的改变要么导致翻译起始位置后移(下一个ATG行使起始密码子的功能),要么导致蛋白无法被翻译出来,可以表示为 p.?(unknown,未知),如果实验没有对蛋白情况进行正式,那么表示为p.0

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  • g.196-197del:表示第196-197位的碱基缺失

  • g. 96-197delAT:表示第196-197位的碱基缺失,缺失碱基为AT

  • EX3-5del:表示第3到第5外显子缺失

  • IVS2-IVS5del:表示第2到第5内含子缺失

  • 如果缺失的这一段序列,起始于第二内含子上的任意位置(假设为cDNA序列的第88位碱基之后),终止于第五内含子上的任意位置(假设为cDNA序列的第923位碱基之前),可以表述为:88+? - 923-?

  • g. 197-198insT:表示第197-198位的碱基之间插入了T碱基

  • 77–79dup:表示第77位至第79位碱基的重复

  • 77_79dupCTG:表示第77位至第79位碱基的重复,重复序列为CTG

  • g.192(AG)3:表示第192位的碱基后存在3个AG重复碱基

(1)插入/缺失(indels),就是插入缺失相结合的一种情况,具体如下:

  • 以正常序列ATAGGGAGCC为例(A代表第191位碱基),当缺失掉AGGGA碱基后,又在同一位置插入了TG碱基,序列变为ATTGGCC。可以表述为:193-197delinsTG 或 193-197delAGGGAinsTG或112_117>TG

(2)倒置(Inversions),“inv”通常用来表示核酸序列的倒置,具体如下:

  • 以正常序列ATAGGGAGCC为例(A代表第191位碱基),当序列倒置时,序列变为ATCGAGGGAC。可以表述为:

  • 193-199inv:表示第193位至197位的碱基序列发生倒置

  • 193-199in7:表示第193位至197位的7个碱基序列发生倒置

(3)不同等位基因上的SNP,具体表示规则为:[等位基因1]+ [等位基因2],例如:

  • [191A>C] + [191A>C] :表示第191位碱基为纯合子的A、C突变
  • [191A>C] + [?] :表示一个等位基因的第191位碱基为A、C突变,另外一条未知

(4)等位基因上存在2个突变,具体表示规则为:[突变1]+ [突变2],例如:

  • [191A>C ; 197G>C] :表示第191位碱基存在一个A、C突变,第197位碱基存在一个G、C突变。

参考文献

  1. http://www.biojgwt.com/index.php?m=content&c=index&a=show&catid=21&id=13

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