arrayQualityMetrics
常用函数
1 aqm.writereport
功能：使用aqmReportModule生成质量报告。
返回值：质量报告。
aqm.writereport(modules, arrayTable, reporttitle, outdir)
| 参数 | 注释 |
|---|---|
| modules | 含有 aqmReportModule 对象的列表。 |
| arrayTable | 含有芯片metadata的data.frame。 |
| reporttitle, outdir | 报告名称和输出的目录。 |
2 arrayQualityMetrics
功能：生成芯片质量报告。
返回值：芯片质量报告。
arrayQualityMetrics(expressionset,
outdir = reporttitle,
force = FALSE,
do.logtransform = FALSE,
intgroup = character(0),
grouprep,
spatial = TRUE,
reporttitle = paste("arrayQualityMetrics report for",
deparse(substitute(expressionset))),
...)
| 参数 | 注释 |
|---|---|
| expressionset | ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet, ExpressionSetIllumina, RGList,MAList文件 |
| outdir | 输出目录。 |
| force | 若为TRUE，则覆盖已有目录。若为FALSE，当已存在同名目录的时候报错。默认为FALSE。 |
| do.logtransform | 是否进行log2变换。默认为FALSE。 |
| intgroup | 根据phenoData使用不同颜色区分不同样品。 |
3 modulefunctions
4 preparedata
详情请见arraryQualityMetrics技术文档。用于生成自定义报告。