RDKit | 基于RDKit处理化学信息学中的反应方程式

        将研究化合物之间的转化,即如何处理化学信息学中的化学反应。

        首先,您将学习如何扩展单个化合物的表示法,例如先前处理的MOL文件和SMILES表示法,以表达化学反应。接下来,让学习如何在RDKit中处理化学反应。

RXN文件

使用MOL文件格式表示化学反应的扩展名为RXN file的格式。由于基本结构单元相同,因此可以处理MOL文件和SDF的软件通常可以处理RXN文件。

例如,考虑以下乙酸和甲胺之间的酰胺化反应。

如果您尝试使用“另存为”保存用ChemBioDraw绘制的文件,则可以选择“反应Molfile(RXN)”,如下所示。

保存的RXN文件的内容如下。空白行很多,但组成是

  • 标题部分从“ $ RXN”开始
  • 由“ $ MOL

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转载自blog.csdn.net/u012325865/article/details/103686941